消防設備点検でチェックした部分については、消防設備等点検結果報告書などを上記資格者が確認して、ＯＫとすることとなります。これは、所有者・管理者の費用負担や、検査者の検査項目の軽減を目的としたものであって、「消防設備士・消防設備点検資格者が点検しても良い」ということではありません。
消防点検と重複する部分については、消防点検結果を１級建築士・２級建築士・防火設備検査員が確認をしてＯＫとできる。ということになります。
建築基準法の定期報告制度では、あくまで建築基準法や関連法規に定められた資格者でしか、調査者・検査者となれません。

縦割り行政の弊害とでもいいましょうか、それぞれの行政区分の資格を持っていないと、同じような点検作業内容であったとしても、報告業務を行えないのが実情です。防火設備検査では、消防設備士と建築士で相番し、作業を行なうなどしています。

防火設備自身が、建築基準法で設置を義務付けられたものであるため、やはり建築基準法の定期報告で検査するべきであろうということかと思います。
防火設備検査では、実際に感知器連動（又はヒューズ式）で、作動させて全閉し、防火区画を形成できるのかが一番重要なところです。消防点検では、当然消防設備部分の良否に主眼が置かれているため、防火扉や防火シャッターそのものの損傷や不具合、全閉時の閉まり切りの状況、危害防止装置の作動状況といったところまでは、カバーできていません。
また、仮にどちらかの制度に一本化するにしても、例えば資格者の点検できる範囲の問題など、様々問題が出てきそうです。

平成２８年６月から施行されましたが、実際の報告は平成３０年度が初回の行政が多く、今後、民間・公共建築物にかかわらず、様々な意見が出てくると思われます。現時点でも建物所有者からは、毎年の負担が増え、似たような点検ばかりをさせられていると、不満も多く聞かれます。

おっしゃる通り公共建築物においては、重複する検査項目があるのであれば、税金の無駄遣いになる為、発注の仕方や、報告内容の簡素化や免除など何らかの対応で効率化する必要があるのではないかと感じます。

とは言え冒頭に書きましたように、別の法的根拠、行政でやっている制度なので、無駄だとわかっていても、一筋縄ではいかないでしょうね。
現状では、対象建物の管轄する行政単位で運用に差が出てしまうでしょうが、それぞれの担当課に確認し、それに合わせていくしかないと感じています。
今後様々な意見が出てくる中で、行政の対応に期待したいところです。

自社の所轄消防署予防課では防火設備検査が実施されている施設は、防排煙制御設備として報告しなくてもいいとの見解です。

いかが取り扱いをすればいいのでしょうか?

どのような扱いにすればいいてせしょうか?